Les manchots ont une variété de prédateurs, y compris les phoques, les orques et les requins. De plus, les oiseaux, les renards et les pumas mangent des manchots lorsque leurs aires de répartition se chevauchent. Contrairement à la croyance populaire, les ours polaires ne sont pas des prédateurs des manchots, car les ours polaires habitent l'hémisphère nord, tandis que les manchots habitent l'hémisphère sud.
Quelle que soit l'espèce, les œufs et les poussins de manchots ont beaucoup plus de prédateurs que les adultes. Les œufs sont mangés par une variété de prédateurs, y compris les oiseaux et les rats. De nombreux oiseaux se nourrissent de poussins, en particulier des espèces telles que les labbes, les petits grisons et les pétrels géants. Les nouveau-nés de manchots de Magelle sont même chassés par de grands tatous poilus. Certains nouveau-nés sont la proie de serpents, de crabes et d'autres petits prédateurs. Les grands requins blancs et les épaulards sont des prédateurs bien connus des manchots adultes. Les phoques léopards consomment même les plus grandes espèces de manchots, tandis que les phoques à fourrure et les phoques de Weddell se concentrent sur des espèces légèrement plus petites. Les lions de mer sont également d'importants prédateurs des manchots.
La principale façon dont les manchots se défendent contre les prédateurs est leurs habitudes sociales, leur capacité à nager et leurs couleurs contrastées. Les animaux à contre-ombre sont sombres dorsalement et clairs ventralement. Les couleurs sombres se camouflent avec l'océan lorsqu'elles sont vues d'en haut, tandis que les couleurs claires se camouflent avec la surface de l'eau, lorsqu'elles sont vues d'en bas.
Les manchots se nourrissent principalement de krill, de calmars et de petits poissons.
