Les orques, les requins et les faux orques mangent des baleines. Les faux épaulards et les épaulards peuvent chasser les baleines en meute. Les humains sont largement considérés comme le principal prédateur des baleines.
En raison de la grande taille et de la peau épaisse de nombreuses espèces de baleines, il est difficile pour les prédateurs naturels, tels que les épaulards et les requins, de tuer et de manger des baleines adultes. Les quelques prédateurs naturels de la baleine choisissent souvent de chasser les bébés baleines ou les petites espèces de baleines, car elles sont plus faciles à tuer.
Même si la chasse à la baleine n'est plus pratiquée dans de nombreux pays en raison des lois protégeant les animaux, la surpêche, l'utilisation de sonars, le réchauffement climatique et la pollution de l'environnement causée par l'homme continuent de tuer des baleines.