Les protéines qui se déplacent du réticulum endoplasmique vers l'appareil de Golgi voyagent à l'intérieur de véhicules de transport revêtus de COPII. Selon la quatrième édition de Molecular Biology of the Cell sur le site Web du NCBI, les vésicules de transport sont pincés d'une région du réticulum endoplasmique connue sous le nom de sites de sortie du RE. Ces sites de sortie n'ont pas de ribosomes liés à la membrane qui retarderaient autrement le processus.
Les protéines cargo sélectionnées gravitent vers les vésicules de transport, où elles finissent par se concentrer. Les scientifiques pensent que ces protéines cargo ont un signal de sortie qui alerte les protéines réceptrices complémentaires de la présence de la couche COPII dans la vésicule bourgeonnante. Cela aide les protéines complémentaires à se déplacer dans la vésicule. Pourtant, certaines protéines sans signaux de sortie, qui restent généralement dans le RE, sont également emballées dans des vésicules bourgeonnantes pour se déplacer dans l'appareil de Golgi. Environ 200 protéines membranaires, souvent de différents types, sont contenues dans une vésicule de transport moyenne de 50 nanomètres.
Cependant, toutes les protéines ne nécessitent pas une vésicule. Lorsque les protéines sécrétoires sont fabriquées à des concentrations très élevées, certaines d'entre elles s'échappent du RE sans l'aide de récepteurs de tri. D'autres protéines, en revanche, ne sont pas du tout autorisées à partir. Par exemple, lorsque les protéines sont dépliées ou mal repliées, elles sont retenues dans le RE dans une protéine chaperon.
