Une différence principale entre les protistes et les bactéries est que les protistes sont des organismes eucaryotes, tandis que les bactéries sont des procaryotes. Une autre différence est que les protistes appartiennent au royaume Protista, tandis que les bactéries sont membres du royaume Monera. Les bactéries sont des organismes unicellulaires qui ne contiennent pas d'organites comme un noyau ou des chloroplastes.
Les protistes sont également des organismes unicellulaires, mais ils ont un noyau et d'autres organites intracellulaires. Des exemples de protistes sont l'amibe et la paramécie.
Certaines similitudes entre ces deux organismes sont qu'ils peuvent tous deux être des organismes unicellulaires, qui peuvent soit rester dans une position, soit se déplacer à travers des structures comme les flagelles. Une autre similitude est que les membres de chaque royaume peuvent être autotrophes ou hétérotrophes. Les autotrophes peuvent faire leur nourriture, tandis que les hétérotrophes ne peuvent pas le faire.
