La pénurie d'eau est causée par une mauvaise gestion des ressources en eau disponibles et l'épuisement des ressources en eau douce. Selon le Programme des Nations Unies pour le développement, la mauvaise gestion des ressources en eau est l'une des principales causes de pénurie d'eau. La plupart des pays ont suffisamment d'eau pour répondre aux besoins agricoles, ménagers et industriels mais n'ont pas les moyens de rendre accessible l'eau propre et utilisable.
Les autres causes de pénurie d'eau comprennent la surutilisation de l'eau, la pollution, la croissance démographique, la diminution des précipitations, l'augmentation de la consommation d'eau, le réchauffement climatique, la production alimentaire, le changement climatique, la qualité de l'eau et l'utilisation des terres. L'agriculture à elle seule utilise environ 70 pour cent de l'eau douce du monde ; cependant, 60 pour cent sont gaspillés en raison de méthodes d'application inefficaces et de systèmes d'irrigation qui fuient. La croissance démographique a entraîné une utilisation accrue de l'eau douce, entraînant l'épuisement des ressources en eau douce telles que les eaux souterraines.
Si la pénurie d'eau affecte de nombreuses personnes dans le monde, elle a également un impact négatif sur les lacs, les rivières, les zones humides et l'environnement dans son ensemble. La surutilisation de l'eau nuit à l'environnement, car elle entraîne une augmentation de la pollution par les nutriments, de la salinité et de la perte de zones humides et de plaines inondables. Les zones humides abritent des mammifères, des amphibiens, des oiseaux et des poissons, mais les rares qui restent sont utilisés pour la culture du riz et d'autres cultures vivrières.