La pollution des rivières provient d'une variété de sources différentes, y compris les opérations agricoles, les rejets industriels, les usines de traitement des eaux usées et les eaux de ruissellement, qui transportent des polluants dans les cours d'eau. Les sources sont classées comme sources ponctuelles si la pollution provient d'une source unique et identifiable et de sources diffuses si la pollution est le résultat d'un ruissellement sur une vaste zone. Étant donné que les rivières puisent dans de nombreuses sources, elles peuvent contenir de nombreux polluants différents.
La pollution ponctuelle est le type de pollution fluviale le plus simple à corriger, car elle peut être attribuée à une seule source. Une opération industrielle peut déverser accidentellement des polluants non traités dans une rivière, ou une inondation dans une usine de traitement des eaux usées peut entraîner le déversement d'eaux usées dans un cours d'eau. Ces déversements peuvent être massifs et libérer de grandes quantités de polluants sur une courte période de temps, mais une fois le problème corrigé, la rivière peut éventuellement se rétablir.
La pollution diffuse est beaucoup plus difficile à gérer. Lorsque la pluie ou les eaux de crue s'écoulent sur la terre, elles captent tous les contaminants présents. L'huile et la graisse des routes, l'excès d'azote et de pesticides des terres agricoles, les métaux lourds provenant des opérations d'extraction et de mise au rebut et les sédiments meubles peuvent se retrouver dans la rivière, transportés par le ruissellement tout au long du cycle de l'eau.
