La différence entre l'anaphase 1 et l'anaphase 2 réside dans la séparation des différents types de chromosomes. Dans l'anaphase 1 de la mitose, les (mêmes) chromosomes homologues se séparent de chaque côté de la cellule, et le centromère est entier. Dans Anaphase 2, les chromatides sœurs se séparent et le centromère est divisé, ce qui provoque la séparation des chromatides.
En anaphase 1, les chromosomes homologues se déplacent vers les pôles opposés et les chromatides sœurs restent attachées. Il y a d'autres changements : les microtubules du kinétochore (fuseaux) se raccourcissent pour tirer les chromosomes vers les pôles. Cela forme deux ensembles haploïdes, ce qui signifie que chaque ensemble a 23 chromosomes ou 46 au total, le nombre que l'on trouve généralement chez l'homme. Chaque chromosome a deux chromatides qui se déplacent séparément en anaphase 2.
Dans l'anaphase 2, les centromères sont clivés au milieu permettant aux microtubules de se fixer aux kinétochores, ce qui sépare les chromatides sœurs. Les centromères sont la partie centrale des chromatides sœurs qui les maintiennent ensemble, souvent représentées par un point ou un cercle. Lorsque cela est rompu, les deux se séparent. Les chromatides sœurs sont maintenant appelées chromosomes sœurs car elles se déplacent vers des pôles opposés et ne sont plus ensemble. À ce stade, la cellule est presque prête à se séparer complètement en cellules filles, ce qui donne quatre cellules filles au total à la fin de la méiose 2.
