Les bactéries présentes dans l'eau du robinet comprennent Cryptosporidium, Legionella pneumophila, les rotifères, les copépodes et Escherichia coli, plus communément appelée E. coli. Les rotifères et les copépodes se trouvent couramment dans l'eau potable et peuvent devenir assez gros pour être vus à l'œil nu, mais ils sont rarement nocifs pour les humains. E. coli peut exister légalement dans jusqu'à 5 pour cent des échantillons d'eau potable, selon les normes de l'Environmental Protection Agency.
Legionella pneumophila, la bactérie qui cause la maladie du légionnaire, existe naturellement dans l'eau mais est souvent éradiquée par des techniques de filtration et de traitement de l'eau. Ce n'est que dans de rares cas que la légionelle apparaît dans l'eau potable. En 2015, une épidémie s'est produite à New York en raison de l'eau contaminée, infectant 127 personnes et tuant 12.
Les déchets fécaux humains et animaux sont des sources courantes de contamination par le cryptosporidium, un organisme unicellulaire. Une personne infectée par le cryptosporidium peut présenter des symptômes tels que diarrhée, vomissements et crampes. Les techniques modernes de filtration et de traitement de l'eau filtrent environ 99 % de ces bactéries de l'eau potable.
Il est également possible de trouver les bactéries anabaena circinalis et salmonella enterica dans l'eau du robinet, ainsi que les spores de moisissure de Chaetomium et de rhizopus stolonifer, plus communément appelée moisissure noire du pain.
