Les cellules eucaryotes possèdent toutes un noyau et leurs organites sont enfermées dans des membranes. Elles ont également une membrane plasmique, qui est une couche de phospholipides qui entoure la cellule entière, et elles possèdent un cytosquelette interne .
Par rapport aux cellules procaryotes, les cellules eucaryotes sont au moins 10 fois plus grosses. Leur cytoplasme est composé à la fois de ribosomes et de cystol. Protégés par leur membrane plasmique, ils possèdent également des protections pour chaque organite sous forme de membranes individuelles. La membrane plasmique est le site des fonctions de signalisation et de transport pour toute la cellule.
Au sein des cellules eucaryotes, le système endomembranaire est un réseau de membranes partageant des matériaux. Les lysosomes, le réticulum endoplasmique et l'appareil de Golgi font tous partie de ce système plus vaste. Les cellules eucaryotes ont également une matrice extracellulaire constituée de glycoprotéines et de protéines sécrétées par d'autres cellules. Cette matrice se trouve autour de nombreuses cellules animales différentes.
Les cellules eucaryotes se déplacent par la fonction des flagelles ou des cils, selon le type d'eucaryote. Les flagelles sont des queues à une extrémité de la cellule qui vont et viennent, propulsant la cellule dans une direction. Les cils sont plus courts et plus nombreux, et ils battent tous de concert pour conduire la cellule dans une direction particulière.