Le puritanisme était la religion principale du New Hampshire colonial. L'Église puritaine a finalement cédé la place à l'Église congrégationaliste, qui est une combinaison de croyances puritanistes et de confessions protestante, quaker et baptiste.
En dehors du Rhode Island colonial, le puritanisme était la religion dominante pour tous les colons de la Nouvelle-Angleterre. Les puritains menaient une vie religieuse stricte et les dissidents étaient traités durement. En 1689, le Parlement anglais a adopté le Tolerant Act, qui a mis fin aux châtiments corporels pour les dissidents, tels que couper les oreilles des quakers ou fouetter publiquement les baptistes. Cet acte a libéré d'autres religions pour établir des églises dans les colonies puritaines sans punition. Le puritanisme et le congrégationalisme sont restés la religion prédominante jusqu'à ce que le Grand Réveil déclenche le mouvement protestant au milieu du XVIIIe siècle.
