Les colonies du sud avaient de nombreuses religions différentes, mais étaient principalement des anglicans ou des baptistes. Les colonies du milieu avaient également de nombreuses religions différentes, dont des catholiques, des juifs et des quakers.
Les lois originales des colonies obligeaient les gens à fréquenter une sorte d'église et à payer également des impôts qui aidaient à payer les églises. C'est plus tard que les colons ont décidé de devenir plus tolérants sur le plan religieux et de séparer l'Église de l'État. Fait intéressant, malgré toute son importance, la séparation de l'Église et de l'État n'est explicitement inscrite dans aucune des lois fondatrices, y compris la Constitution des États-Unis. L'idée de la "séparation de l'Église et de l'État" est apparue pour la première fois lorsque les baptistes de Virginie voulaient avoir une tolérance religieuse de la part des anglicans vivant dans la région.
