La religion dominante des colonies de la Nouvelle-Angleterre était le christianisme, mais le long de lignes nettement différentes de l'Église anglicane (ou Église d'Angleterre) que les colons avaient fui. L'approche puritaine du christianisme était de se distancer leurs pratiques du catholicisme, une tâche à laquelle ils considéraient que l'anglicanisme avait échoué. Plus précisément, ils ont rejeté la structure épiscopale (hiérarchique) de l'Église anglicane, avec son classement des vicaires, des évêques et des archevêques, et ont plutôt cherché à mettre en œuvre une structure congrégationaliste dans laquelle chaque église, ou congrégation, serait plus ou moins indépendante et autonome. .
Cette structure congrégationaliste permettait aux églises d'organiser leurs propres impôts et d'embaucher, ainsi que de licencier, leurs propres ministres. Ils étaient également très sélectifs en ce qui concerne leurs membres, malgré le fait que la fréquentation de l'église était obligatoire. Les normes élevées de l'Église puritaine ont rendu difficile sa survie à travers les générations, et les dirigeants de l'église ont été contraints d'assouplir leurs exigences avec le "Half-Way Covenant" en 1662. Cela a permis aux enfants baptisés qui refusaient de témoigner d'être admis comme membres partiels. , mais pas la sainteté, ce qui leur aurait permis de voter sur les affaires de l'église et de communier.
Les puritains idéalistes sur le plan religieux étaient également connus sous le nom de non-séparatistes afin de les distinguer du groupe plus extrême, bien que beaucoup plus petit, des réformistes de l'église connus sous le nom de séparatistes. Ce groupe, peut-être plus communément connu sous le nom de Pilgrims of the Plymouth Colony, était arrivé avant les puritains, cherchant une rupture beaucoup plus extrême avec les traditions de l'Église anglicane.