La température dans un biome d'estuaire varie avec la saison et l'estuaire. Par exemple, l'estuaire de l'Aln en Angleterre a une plage de température moyenne de 13 à 17 degrés Celsius ou de 55 à 63 degrés Fahrenheit. La température d'un estuaire est souvent en corrélation avec la santé du biome.
L'oxygène dissous est essentiel à la vie dans les estuaires. Plus la température d'un estuaire est élevée, moins l'oxygène dissous est disponible dans l'écosystème. Par exemple, une élévation de température d'environ 14 degrés Celsius peut réduire la quantité d'oxygène dissous d'un peu moins d'un demi-mg par litre. Différentes plantes et animaux sont capables de s'adapter aux conditions de l'estuaire en fonction de leurs mécanismes biologiques innés.
