La seule sécrétion de l'œsophage est le mucus, pour la lubrification. L'œsophage ne sécrète aucun produit chimique digestif car son rôle est de délivrer des bolus de nourriture du pharynx à l'estomac.
Le mucus est produit par les glandes muqueuses situées dans la muqueuse, la muqueuse de l'œsophage. Cette doublure est composée d'épithélium pavimenteux stratifié, qui résiste aux traumatismes causés par les aliments abrasifs. Lors de la déglutition, les bolus de nourriture dilatent l'œsophage, provoquant l'expression du mucus des glandes muqueuses. Les contractions péristaltiques propulsent alors la nourriture dans l'estomac. Chez l'homme, il faut quatre à cinq secondes pour qu'un bol alimentaire traverse l'œsophage.
