Une molécule se compose d'au moins deux atomes du même élément, tandis qu'un composé comprend au moins deux éléments. Un exemple de molécule serait l'hydrogène moléculaire, qui a deux atomes d'hydrogène et est représenté par H2. Un exemple de composé serait l'eau (H2O), qui a deux atomes d'hydrogène et un atome d'oxygène.
Les composés incluent des molécules en leur sein. Par exemple, l'hydrogène dans l'eau est une molécule car il y a au moins deux atomes de l'élément ; l'oxygène, cependant, ne serait pas une molécule à lui seul puisqu'il n'y en a qu'un seul atome. D'autres exemples de molécules incluent l'azote moléculaire (N2) et l'oxygène moléculaire (O2), et d'autres composés incluent le méthane (CH4) et le dioxyde de carbone (CO2).