Les pommes de pin généralement considérées comme des pommes de pin sont en fait les plus grosses pommes de pin femelles ; les pommes de pin mâles ne sont pas aussi ligneuses et sont beaucoup plus petites. Les pommes de pin femelles contiennent les graines tandis que les pommes de pin mâles contiennent le pollen. La plupart des conifères, ou arbres à cônes, ont des pommes de pin femelles et mâles sur le même arbre.
Une pomme de pin femelle, également appelée strobile mégasporangée, se compose d'écailles de cône ou de graines qui contiennent deux ovules, les graines non fécondées. Il faut environ deux ans pour que les pommes de pin femelles deviennent matures. Lorsque la graine mûrit, le cône s'ouvre, exposant les graines à l'environnement. Une fois que les graines sont mûres, les écailles des graines tombent du cône. Les graines sont ensuite emportées de l'arbre parent par le vent et les animaux. Certaines pommes de pin femelles ne s'ouvrent que lorsqu'elles subissent des températures élevées, comme lors d'un incendie de forêt.
Les pommes de pin mâles, ou strobiles microsporangiées, ne durent pas aussi longtemps que leurs homologues femelles. Chaque printemps, le pollen des pommes de pin mâles est libéré dans l'air où ils peuvent éventuellement atterrir sur une écaille sur la pomme de pin femelle. Les pommes de pin mâles sont généralement jaunâtres à cause de la poussière de pollen. Les cônes mâles existent en grappes à l'extrémité des branches des pins.