Les substrats de base de la trypsine sont des protéines alimentaires, selon Worthington Biochemical Corporation. La trypsine est une enzyme digestive sécrétée par le pancréas. La trypsine sépare les grosses protéines alimentaires au niveau de leurs liaisons peptidiques, les brisant en chaînes polypeptidiques plus petites.
Au cours de la digestion, la trypsine est sécrétée dans la section duodénale de l'intestin grêle via le canal pancréatique. Selon la RSCB Protein Data Bank, la trypsine agit principalement à côté des acides aminés lysine et arginine dans les grandes chaînes protéiques. Tout au long du processus digestif, ces segments protéiques coupés sont ensuite sollicités par des enzymes digestives supplémentaires, produisant finalement des acides aminés individuels. Ces petits acides aminés sont absorbés par la muqueuse de l'intestin grêle et dans la circulation sanguine.