Les taxonomistes utilisent « domaine » pour désigner la classification la plus élevée possible des organismes. Au-dessus du niveau du domaine, le seul groupe auquel les organismes appartiennent est la vie elle-même.
Les deux domaines reconnus sont Prokaryota et Eukaryota. Les règnes végétal, animal, fongique et protiste sont eucaryotes, ce qui signifie qu'ils ont de grandes cellules corporelles avec des organites spécialisés. Les archées et les eubactéries sont les royaumes des procaryotes. Ce sont tous des organismes unicellulaires qui vivent dans presque tous les environnements de la Terre. Bien que certains eucaryotes soient également des organismes unicellulaires, tels que les amibes, ils sont plus étroitement liés aux humains que les amibes ou les humains ne le sont aux bactéries.