Parfois, les ratons laveurs et les grands ducs d'Amérique constituent une menace pour les pygargues à tête blanche dans le nid. Cependant, en raison de leur grande taille et de leur forte capacité de prédation, les pygargues à tête blanche ne sont des proies régulières pour aucune espèce.
Bien qu'ils soient rarement la proie à l'état sauvage, les pygargues à tête blanche ont toujours été menacés par les activités humaines. Par exemple, les aigles sont au sommet de leur chaîne alimentaire, ils sont donc très vulnérables aux produits chimiques toxiques dans l'environnement ; chaque étape d'une chaîne alimentaire a tendance à concentrer les toxines dans les espèces de proies. Le dichlorodiphényltrichloroéthane, un pesticide toxique couramment utilisé aux États-Unis à partir des années 1940, a presque conduit le pygargue à tête blanche à l'extinction. En 1963, la population de pygargues à tête blanche a été réduite à 487 couples nicheurs. Heureusement, cependant, le DDT a été interdit aux États-Unis en 1972, et en 2007, il y avait environ 9 789 couples nicheurs dans les États-Unis contigus.
