En dehors des êtres humains, les pygargues à tête blanche ont très peu d'ennemis naturels et les aigles adultes n'ont pas de prédateurs naturels. Les oisillons et les œufs sont parfois la proie des goélands, des corbeaux, des faucons, des hiboux, d'autres aigles, lynx roux, ours noirs et ratons laveurs.
Comme les nids d'aigles sont souvent très hauts dans les arbres et très grands, les carnivores qui sont de mauvais grimpeurs ont rarement accès aux œufs et aux jeunes, et les pygargues à tête blanche sont des parents suffisamment attentifs pour protéger leurs petits des dommages dans la plupart des cas. Cependant, un accès limité à la nourriture peut rendre les jeunes vulnérables, car les parents doivent chasser plus longtemps et plus loin du nid pour subvenir aux besoins de leur progéniture.
