En raison de leur carapace dure et de leur peau épaisse, les tortues du désert adultes ne sont la proie que des pumas. Les jeunes tortues du désert sont beaucoup plus vulnérables et elles sont également mangées par les renards nains, les coyotes, les chiens sauvages, les renards gris, les lynx roux, les blaireaux, les corbeaux, les coureurs de route et les monstres de Gila.
Les tortues femelles du désert gardent leurs œufs vulnérables pendant un certain temps, mais une fois qu'elles éclosent, les jeunes tortues doivent compter sur leur coloration cryptique pour survivre. Les tortues du désert s'abritent dans des terriers lorsqu'elles ne cherchent pas de nourriture ou de partenaires, et elles sont d'habiles creuseurs. En dernier recours, les tortues du désert de tous âges urinent pour se rendre moins appétissantes aux prédateurs potentiels.
