Les équations moléculaires sont des équations chimiques qui montrent les réactions de composés, qu'ils soient ioniques ou covalents, uniquement en tant que composés et non en tant qu'ions dissociés. Ce n'est une distinction significative que pour les réactions impliquant des composés ioniques puisque les composés covalents n'ont pas d'ions dissociés. L'autre type d'équation est une équation ionique, qui montre les ions dissociés avec leurs charges respectives.
Les équations moléculaires sont relativement simples à écrire, mais elles déforment aussi souvent les réactions qu'elles symbolisent. En effet, ces réactions se produisent souvent dans des solutions aqueuses, où seuls certains des composants réagissent réellement. Par exemple, une équation moléculaire du chlorure de calcium et du nitrate d'argent montre la création de nitrate de calcium et de chlorure d'argent. Ceci est déformé de deux manières. Premièrement, les réactifs réellement disponibles ne sont pas du chlorure de calcium et du nitrate d'argent mais des ions calcium, chlorure, argent et nitrate entièrement dissociés. De plus, le seul composé réellement créé est le chlorure d'argent, qui est un solide ionique qui précipite hors de la solution. Les autres ions, calcium et nitrate, ne réagissent pas et restent en solution. Une équation ionique peut être simplifiée pour supprimer entièrement ces composants non réactifs.
La formule moléculaire peut être valide et utile en tant qu'aide conceptuelle, ou elle peut servir de modèle plus précis si l'eau est éliminée après la réaction par ébullition ou par une autre méthode qui laisse les ions dissous s'associer en composés ioniques .
