Les poissons de mer se nourrissent de petites créatures, de petits poissons et de divers organismes morts qui tombent des niveaux d'eau plus élevés. Il est courant que les poissons de mer passent jusqu'à deux semaines sans manger, car la nourriture est souvent rare dans les grands fonds.
Les poissons de mer ont un système digestif lent qui leur permet de rester rassasiés pendant de longues périodes, une caractéristique extrêmement bénéfique lorsque leur approvisionnement en nourriture est rare. Certaines espèces de baudroies mâles, par exemple, sont de petite taille et vivent sur des baudroies femelles en tant que parasites, permettant à leur tour aux poissons femelles de détecter et de se nourrir de toutes les sources de nourriture disponibles.