Les dinoflagellés autotrophes créent leur propre nourriture en convertissant l'énergie lumineuse en énergie chimique à l'aide de la photosynthèse. Les dinoflagellés hétérotrophes se nourrissent du traitement d'autres substances organiques complexes. Ces dinoflagellés se nourrissent d'algues, d'autres dinoflagellés et de larves ou d'œufs de plancton marin.
Les dinoflagellés sont des organismes marins unicellulaires qui constituent un élément important du plancton. Ils sont présents dans un grand nombre d'espèces d'algues et peuvent vivre dans les eaux douces, les estuaires, les mers tropicales ou même l'Arctique. Ces micro-organismes des algues planctoniques fournissent de la nourriture aux huîtres, coquilles Saint-Jacques, palourdes et larves de crustacés. Une explosion de la densité de population de dinoflagellés photosynthétiques peut décolorer l'eau, créant le phénomène communément appelé « marée rouge ».