J.J. Le modèle atomique atomique de Thomson s'appelait le Plum Pudding Atomic Model, et il était basé sur l'idée que les électrons sont des particules chargées négativement dispersées à travers l'atome chargé positivement. Alors que Thomson avait raison sur l'existence des électrons, il avait tort sur l'endroit où ils se trouvent dans l'atome.
Thomson a comparé la façon dont les électrons sont dispersés dans l'atome aux raisins secs d'un pudding de prune. Cette théorie suggérait que les charges négatives et positives de l'atome existaient dans la même sphère d'existence, mais ce n'est qu'en 1911 que l'emplacement du noyau qui abritait ces charges a été découvert. L'homme qui a découvert le noyau, Ernest Rutherford, était un étudiant de Thomson à un moment donné et testait en fait la théorie de Thomson lorsqu'il a fait sa propre découverte : plutôt que d'être dispersés dans l'atome, les électrons orbitent autour d'un noyau chargé positivement. Une fois que Rutherford a découvert que les particules en feuille étaient capables de dévier les particules H2+ en 1911, le modèle du plum pudding a été mis de côté pour le modèle de Rutherford. Thomson a également abandonné son propre modèle pour soutenir le modèle de Rutherford.
Tout au long de la carrière de Thomson, il a occupé un certain nombre de postes distingués en raison de ses découvertes. Il a été fait chevalier en 1908 par la famille royale britannique en plus d'un prix Nobel en 1906. Même si la théorie du plum pudding de Thomson a été réfutée, de nombreux éléments de ses découvertes, tels que les électrons, ont été essentiels pour trouver et construire le modèle qui est utilisé actuellement.