Les minéraux sont formés par des processus organiques, la cristallisation, la fusion et les transformations cristallographiques qui se produisent à l'état solide du minéral. Les transformations cristallographiques se produisent généralement avec un changement de pression ou de température dans le matériau entourant le gisement minéral .
Les minéraux se forment parfois du fait que leurs composants moléculaires, tels que le calcium, sont absorbés par les êtres vivants. Un exemple de ceci serait les coccolithophores incorporant du carbonate de calcium dans leurs squelettes. Les minéraux se forment parfois en se rassemblant dans un liquide pour former des cristaux. De nouveaux minéraux peuvent également être synthétisés à l'intérieur d'une roche ignée en refroidissement. La plupart des minéraux trouvés sur la croûte terrestre ont été formés de cette manière.