Il existe plusieurs différences clés entre les cellules végétales et animales, telles que la structure de la paroi cellulaire, la présence ou l'absence de plastes, de lysosomes et de centrioles et la forme des vacuoles. Ces caractéristiques sont les différences principales et les plus distinctes entre les cellules végétales et animales. Cependant, ils n'existent que dans les organismes classés comme eucaryotes et se produisent principalement dans les organites centraux.
La structure de la paroi cellulaire varie considérablement entre les cellules végétales et animales. Dans les cellules végétales, les parois ont une forme mais n'ont pas de structure clairement définie et rigide ; les biologistes se réfèrent à cela comme ayant des murs presque présents. Les cellules animales, en revanche, n'ont pas de parois cellulaires présentes en dehors de leurs membranes cellulaires. Dans les cellules végétales, les plastes sont situés dans le cytoplasme tandis que les cellules animales manquent de plastes. La plupart des cellules animales contiennent des lysosomes, qui se trouvent principalement dans leurs cytoplasmes. Les cellules végétales n'ont généralement pas de lysosomes; s'ils le font, ces structures sont également situées dans leurs cytoplasmes. Les organites appelés centrioles se trouvent dans certaines cellules végétales, mais ne se trouvent que dans les cellules des variétés végétales inférieures. Cependant, les centrioles se trouvent dans toutes les cellules animales. La dernière différence principale entre les cellules végétales et animales est que toutes les cellules végétales contiennent des structures appelées vacuoles, qui sont remplies de sève cellulaire semblable à un gel. Certaines cellules animales contiennent également des vacuoles ; si elles sont présentes, ces vacuoles sont temporaires ou petites et contractiles.