Les cellules animales contiennent des structures telles que les lysosomes et les centrioles que les cellules végétales n'ont pas. Les cellules animales sont également généralement plus petites et ont une forme plus variée que les cellules végétales.
Les cellules animales et végétales sont eucaryotes, ce qui signifie qu'elles ont un noyau et des organites liés à la membrane. Cependant, les cellules animales et végétales ont plusieurs différences de structure qui reflètent leurs différentes fonctions. Les cellules animales contiennent des lysosomes, des organites qui digèrent de grosses molécules. Dans la plupart des cellules végétales, les vacuoles, plutôt que les lysosomes, sont responsables de la décomposition des macromolécules. Les cellules animales contiennent également des vacuoles mais, là où les cellules végétales possèdent souvent une seule grande vacuole, la plupart des cellules animales en contiennent plusieurs petites.
Au cours de la division cellulaire, les cellules animales s'appuient sur les centrioles pour l'organisation et la régulation alors que les chromosomes s'alignent pour se diviser ; les cellules végétales n'ont pas ces organites cylindriques. Parce que les cellules animales n'ont pas la paroi cellulaire rigide des cellules végétales, n'ayant qu'une membrane cellulaire flexible, elles ont une forme beaucoup plus diversifiée. Cela signifie également que les cellules animales s'appuient sur des structures internes pour le soutien cellulaire, plutôt que d'obtenir le soutien d'une paroi cellulaire.
Les cellules végétales et animales ont besoin de stocker de l'énergie, mais elles le font de différentes manières. Les cellules animales utilisent un glucide complexe, le glycogène, pour stocker de l'énergie, tandis que les cellules végétales stockent de l'énergie sous forme d'amidon.