Un phénotype intermédiaire décrit un organisme qui présente un mélange des traits phénotypiques exprimés par ses parents. Si une fleur rouge pollinise une fleur blanche et que la progéniture résultante est rose, la progéniture décrite comme phénotype intermédiaire. Les phénotypes intermédiaires se produisent lorsque les traits examinés ne sont ni dominants ni récessifs.
Les phénotypes intermédiaires sont assez courants dans le monde vivant. La plupart des gens expriment un phénotype intermédiaire de celui de leurs parents à bien des égards. Cependant, les organismes qui possèdent des phénotypes intermédiaires peuvent également présenter des traits dominants ou récessifs. Par exemple, deux enfants humains peuvent présenter simultanément des traits dominants ou récessifs et ceux d'un phénotype intermédiaire. La couleur des yeux des enfants est en grande partie le résultat de gènes dominants et récessifs. En revanche, la taille, le poids, la couleur des cheveux, l'intelligence et de nombreux autres traits des enfants sont généralement des exemples de phénotypes intermédiaires.
Un organisme porte les instructions génétiques pour sa construction dans l'ADN de ses cellules. Ce code génétique est appelé le génotype de l'organisme. Ce code demande aux cellules de l'organisme de constituer une collection de protéines. De plus, le code génétique indique au corps de l'organisme comment organiser les protéines. La structure physique qui résulte du génotype de l'organisme est appelée son phénotype.