Un anaérobie aérotolérant est un organisme qui tolère la présence d'oxygène mais n'en a pas besoin pour sa croissance. Au lieu de cela, les anaérobies aérotolérants utilisent la fermentation pour survivre. Un exemple d'organisme est le lactobacille, une bactérie qui vit dans l'intestin des humains et qui est également utilisée dans la production de yaourt.
Le processus de fermentation consiste à convertir le sucre en acides, en sucre et/ou en éthanol, afin de produire de l'énergie. De nombreuses voies de fermentation sont utilisées, le plus souvent par l'acide lactique. Les champignons tels que les levures ont tendance à utiliser la fermentation à l'éthanol. Ce processus libère moins d'énergie que les méthodes aérobies, car il repose sur la régénération de l'ATP à partir de l'ADP.