Les manchots sont menacés par les opérations de pêche à grande échelle qui réduisent leur approvisionnement alimentaire, les braconniers qui volent leurs œufs et tuent les adultes pour leur pétrole, et les marées noires qui polluent leur environnement et tuent des milliers de manchots à la fois. Les populations de manchots sont également menacées par le changement climatique à mesure que la banquise fond, supprimant leurs zones d'alimentation et leurs aires de reproduction.
Le changement climatique est la plus grande menace pour la survie des manchots et la plus difficile à contrer ; les manchots sont protégés contre les dommages en vertu de la Loi sur les espèces en voie de disparition de 1973 et sont sauvés par des groupes environnementaux lors de marées noires, mais leur habitat en diminution et la diminution des réserves de nourriture rendent difficile leur reproduction ou leur épanouissement. Même les manchots en dehors de l'Antarctique sont menacés par le changement climatique. Le manchot africain se régale de sardines et d'anchois qui suivent les courants au large des petites îles, mais le changement climatique éloigne les cours d'eau des maisons des manchots et de leurs territoires.
Les manchots sont également menacés par les expéditions de pêche commerciale. Alors que certains pêcheurs participent aux efforts de conservation et soignent les animaux blessés, les manchots doivent toujours rivaliser avec les humains pour se nourrir. Les manchots sont également menacés par leurs prédateurs naturels : requins, orques, lions de mer et phoques léopards.
