En mars 1991 et avril 1991, le magma s'élevant à 20 miles sous la surface du volcan Pinatubo a provoqué de nombreux tremblements de terre et de petites explosions, qui ont détruit des parties du volcan. Puis le 12 juin 1991, le magma rempli de gaz a atteint la surface, et le volcan est entré en éruption.
Avant l'éruption de 1991, le volcan avait été en grande partie inactif pendant 500 ans. Le 16 juillet 1990, un tremblement de terre de magnitude 7,8 s'est produit à 60 miles du volcan qui a perturbé la croûte terrestre sous Pinatubo. Bien que ce tremblement de terre ait causé de plus petits tremblements de terre et des glissements de terrain près du volcan, il ne semble pas que ces événements aient considérablement agité le volcan.
Le premier magma qui a commencé à remonter à la surface en mars 1991 a perdu la majeure partie de son contenu gazeux en remontant. Ainsi, quand il a atteint la surface, il a suinté lentement et est tombé sur les pentes du volcan. Après l'explosion initiale, il y avait plus de magma le 15 juin 1991, ce qui a provoqué des explosions plus violentes en raison de sa teneur en gaz beaucoup plus élevée.
Les gaz du magma se dissolvent normalement lorsqu'ils sont profondément sous la surface. Cependant, ces gaz, qui étaient responsables de l'éruption, se sont dilatés à mesure que le magma montait en raison de la basse pression.