L'électrophorèse est importante car elle est utilisée pour séparer les macromolécules, telles que l'ADN, l'ARN et les protéines. Les gels fabriqués à partir de polyacrylamide sont généralement utilisés pour séparer l'ADN et les protéines en fonction de leurs différentes tailles. Les protéines sont également séparées en fonction de leurs différentes charges.
Lorsque l'électrophorèse, également connue sous le nom d'électrophorèse sur gel, est utilisée pour séparer des molécules d'ADN, une solution des molécules est placée à l'intérieur d'un gel. Les molécules d'ADN chargées négativement sont tirées à travers le gel par un champ électrique. Les petites molécules d'ADN se déplacent plus rapidement à travers le gel que les grosses molécules d'ADN. Le mouvement des molécules à travers le gel crée une série de bandes. Chaque bande est séparée en molécules d'ADN d'une taille particulière. Les bandes les plus éloignées du début du gel contiennent les plus petits fragments d'ADN, tandis que celles les plus proches du début du gel contiennent les plus gros fragments d'ADN.
L'électrophorèse est utilisée pour séparer des fragments d'ADN afin d'obtenir une empreinte ADN à des fins médico-légales, des tests de paternité, la vérification des réactions PCR et la recherche de relations évolutives entre les organismes. Le processus est également utilisé pour tester et localiser les gènes associés à une maladie spécifique et pour distinguer les échantillons de matériel génétique.