Toutes les bactéries pathogènes, par définition, vivent à l'intérieur du corps humain, car c'est la méthode par laquelle elles provoquent une maladie. Un agent pathogène est tout ce qui provoque une maladie chez son hôte ; sans l'hôte, la maladie n'est pas possible, car la maladie est un modèle d'activité nuisible au sein de l'hôte.
De grandes quantités de bactéries vivent dans le corps humain. La plupart sont inoffensifs, certains sont bénéfiques et certains sont pathogènes. Les trois groupes vivent souvent dans les mêmes emplacements corporels. Par exemple, le tractus gastro-intestinal humain est particulièrement riche en bactéries, y compris en espèces généralement considérées comme pathogènes, telles que E. coli.
Toutes les souches d'E. coli ne provoquent pas d'intoxication alimentaire et, en fait, la plupart sont inoffensives. Ce n'est que lorsque le corps devient déséquilibré en raison d'une maladie chronique, telle que la malnutrition, que les bactéries pathogènes peuvent s'implanter et envahir les bactéries inoffensives ou bénéfiques dans ces zones du corps. Dans d'autres cas, des bactéries pathogènes envahissent délibérément des parties du corps qui sont normalement exemptes de bactéries, comme dans le cas de la méningite bactérienne.
Les bactéries en général sont un groupe d'organismes extrêmement résistants et de grande envergure. Ils vivent dans presque tous les environnements imaginables et sont omniprésents dans les systèmes aquatiques et les sols partout sur Terre. Les bactéries pathogènes ne sont pas toujours clairement séparées des autres groupes bactériens non pathogènes, sauf dans leur tendance à causer des maladies et des dommages à leurs hôtes. Les bactéries pathogènes portent des gènes de virulence, mais parfois les pathogènes et les non pathogènes sont étroitement liés, se comportent de la même manière et vivent dans les mêmes environnements. Par exemple, les bactéries qui causent le choléra ne diffèrent des souches inoffensives que par le fait qu'elles portent quelques gènes qui permettent aux bactéries de produire une toxine dangereuse.
