Euglena vit dans des milieux d'eau douce et saumâtre riches en composés organiques, comme des étangs ou des lacs. Ils sont également capables de survivre en dehors de ces milieux sous une forme inerte appelée kyste, en attendant le retour de l'eau.
Euglena se déplace dans son environnement en utilisant un appendice en forme de queue, appelé flagelle, qu'elle agite d'avant en arrière pour pousser dans l'eau. Ils ne sont pas liés aux algues mais sont capables d'obtenir de l'énergie à la fois en consommant des composés organiques et grâce à la photosynthèse. Ils ont des ocelles qui leur permettent de détecter et de rester à proximité des sources de lumière.