Les jésuites étaient différents des autres Européens d'Amérique latine car au lieu d'asservir ou d'exterminer les peuples indigènes, ils les ont rassemblés et les ont éduqués dans des colonies de mission connues sous le nom de réductions. Ces colonies étaient autonomes, prospères financièrement et ont prospéré pendant plus de 150 ans.
Bien que les jésuites s'attendaient à ce que les peuples indigènes qu'ils rassemblaient en réductions se convertissent et suivent les traditions du christianisme, ils ne les exploitaient pas pour le travail. Au lieu de cela, à partir de 1610 environ, ils les ont organisés en communautés autonomes et leur ont enseigné des compétences telles que la menuiserie, l'architecture, l'impression, le tannage du cuir, le tissage du coton, la couture, la construction de bateaux, l'art, la musique, la lecture et l'écriture. Ils ont également armé les Indiens pour se défendre contre les pilleurs d'esclaves.
Les réductions ont été construites avec une église, des bâtiments scolaires, des entrepôts et des logements pour les habitants construits autour d'une place centrale. Ils avaient aussi des hôpitaux, des ateliers et des logements spéciaux pour les veuves. Certaines réductions sont devenues aussi importantes que des villages, avec des populations de 2 000 à 7 000. La plupart des Indiens en réduction appartenaient aux tribus Guarani, Tupi et Chiquitos. Jusqu'à 150 000 Indiens vivaient dans environ 40 communautés lorsque les réductions étaient les plus populaires.
Parce que les autorités considéraient les réductions comme trop indépendantes et les percevaient comme une menace, à partir des années 1750, les Espagnols et les Portugais les attaquèrent et dispersèrent ou asservirent les habitants. En 1767, les jésuites ont été expulsés d'Amérique du Sud et les réductions ont été soit abandonnées, soit absorbées dans la culture dominante.