La principale différence entre les cycles lysogène et lytique est le résultat de la bactérie. Dans le cycle lysogène, la bactérie est préservée et se réplique normalement. Dans le cycle lytique, les bactéries sont séparées et détruites par un processus chimique connu sous le nom de lyse.
Les cycles lysogène et lytique sont les deux cycles de vie utilisés pour la réplication par un groupe spécifique de virus appelés bactériophages. Les bactériophages sont des virus qui ciblent et infectent uniquement les bactéries et peuvent être soit tempérés soit virulents, qui sont respectivement non létaux et létaux pour les hôtes bactériens. Les virus tempérés suivent le cycle lysogène pour la reproduction, tandis que les cycles virulents suivent le cycle lytique.
Dans le cycle lytique, le bactériophage injecte sa particule d'ADN ou d'ARN viral dans la bactérie. La particule virale peut s'attacher à un chromosome bactérien et devenir un prophage, ou elle peut procéder directement à la lyse. Dans tous les cas, la prochaine étape du cycle implique la réplication rapide de la particule virale jusqu'à ce que les ressources de la bactérie soient épuisées et que la cellule soit lysée. Le cycle lysogène commence de la même manière, le bactériophage infectant la bactérie et les particules virales se fixant sur le chromosome bactérien. Au lieu de lyser la cellule, cependant, les particules virales se répliquent au fur et à mesure que la bactérie se réplique par mitose. Bien que le cycle lysogène lui-même ne soit pas létal, une bactérie lysogène peut entrer dans le cycle lytique et se lyser.