Selon Tusculum College, les homologues, ou chromosomes homologues, se séparent au cours de l'anaphase I de la méiose I. BiologyCorner.com déclare que "les fibres fusiformes déplacent les chromosomes homologues vers les côtés opposés." Au cours de la métaphase II, les chromosomes s'alignent à nouveau mais pas en paires homologues.
La séparation des chromosomes homologues permet à chaque homologue d'atteindre chaque gamète. Cela permet à chaque cellule fille de n'avoir que 23 chromosomes, soit un de chaque paire homologue. Les chromatides sœurs restent intactes pendant la méiose I mais se séparent pendant la méiose II. Après le croisement, les chromatides se séparent pendant l'anaphase II et s'alignent le long de l'équateur pendant la métaphase I de la méiose I.