Une façon dont les protistes sont considérés comme primitifs est qu'ils sont pour la plupart unicellulaires, et ceux qui sont multicellulaires n'organisent pas leurs cellules en tissus spécialisés. Cependant, les protistes évoluent depuis aussi longtemps que autre vie sur Terre et ne sont pas nécessairement des êtres primitifs.
À l'origine, les scientifiques pensaient que les protistes étaient les organismes vivants les plus primitifs et que leurs formes étaient restées stables tout au long des milliards d'années d'existence sur Terre. On sait maintenant que les similitudes entre les protistes sont en fait superficielles et qu'il s'agit en fait de nombreux groupes de créatures différents qui changent et s'adaptent depuis des milliards d'années. Certains protistes sont dérivés d'ancêtres plus complexes. Par conséquent, leur organisation apparemment primitive peut ne pas être représentative de ce à quoi ressemblent les formes de vie vraiment primitives.
Les protistes ne sont pas définis en fonction de leur primitivité supposée mais en fonction d'une incapacité à les placer confortablement au sein des règnes végétal, animal ou fongique. De nombreux scientifiques ne reconnaissent pas du tout la catégorie comme biologiquement valable, car les protistes sont si divers et ont des origines multiples.
