La locomotion dans le royaume des protistes est variée et extrêmement polyvalente. Les amibes utilisent des processus cytoplasmiques appelés pseudopodes, tandis que les paramécies ont des rangées de cils qui se déplacent à l'unisson comme de minuscules rames. L'euglena et les dinoflagellés utilisent des protéines semblables à des fouets appelées flagelles pour nager, et certains protozoaires, tels que les diatomées et le plasmodium (l'organisme qui cause le paludisme), ne sont pas mobiles, ce qui signifie qu'ils ne se déplacent pas indépendamment.
Les cils et flagelles présentent une grande similitude avec les structures observées chez les bactéries. Cela suggère que les protéines motrices sont apparues très tôt au cours de l'évolution. D'autres eucaryotes, y compris les humains, ont conservé ces structures utiles. Dans les voies respiratoires humaines, les cellules épithéliales ciliées balaient les bactéries et les débris en suspension dans l'air des voies respiratoires vers la gorge où le réflexe de la toux les éjecte du corps. Quant aux flagelles, les spermatozoïdes contiennent des protéines similaires dans leur queue qui leur permettent de nager.
Les pseudopodes comme moyen de locomotion restent largement confinés aux amibes ; néanmoins, quelques types de cellules humaines conservent cette caractéristique. Les globules blancs phagocytaires, appelés macrophages, utilisent une structure similaire à un pseudopode pour engloutir les bactéries et les spores fongiques. Les mégacaryocytes (cellules géantes de la moelle osseuse) étendent de multiples processus ressemblant à des pseudopodes, puis clivent des fragments cytoplasmiques pour former des plaquettes.
