Les poissons se protègent grâce au camouflage de couleur, aux épines venimeuses, aux chocs stupéfiants et aux produits chimiques. Le poison injecté par les dents, ou par les barbes ou les épines est une défense utile utilisée par les poissons-chats et les rascasses.
Certaines espèces, comme les ménés, avertissent les autres membres de leur groupe lorsqu'elles libèrent une substance chimique dans l'eau. Une plie de la mer Rouge appelée sole de Moïse libère un produit chimique si efficace que même les requins les évitent. Souvent une cible pour les prédateurs, les yeux d'un poisson sont camouflés avec une tache noire près de l'arrière du corps. Les prédateurs visent cet endroit plutôt que la tête, ce qui laisse suffisamment de temps pour s'échapper.