Les loutres de mer se protègent des prédateurs en s'enfuyant vers la terre ferme, en se cachant dans le varech ou en nageant. Les principaux prédateurs des loutres de mer sont les requins et les épaulards, afin que les loutres de mer puissent se protéger en grimpant sur terre.
Si les loutres de mer doivent se protéger le plus souvent des prédateurs marins, elles doivent également faire attention aux prédateurs terrestres. Les coyotes et les ours sont des prédateurs terrestres connus des loutres de mer. Si les loutres ne peuvent pas échapper à ces prédateurs dans l'eau, elles doivent utiliser leurs dents puissantes comme un ultime effort.
Les loutres de mer ont non seulement besoin de protection contre les prédateurs, mais aussi contre leur propre environnement. Leur tendance naturelle est de passer beaucoup de temps dans l'eau froide. Alors que certains mammifères marins utilisent une épaisse couche de graisse pour se réchauffer, les loutres de mer s'isolent d'une épaisse couche de fourrure. Chaque centimètre carré de peau de loutre de mer est recouvert d'environ un million de poils. Ce poil dense empêche l'eau d'atteindre la peau et agit comme un manteau imperméable.
Les loutres de mer sont également exposées au braconnage et aux maladies. Par exemple, au milieu des années 1990, une maladie menaçait de dévaster la population de loutres de mer de Californie. Le braconnage pour la fourrure de l'animal a également sérieusement affecté la population de loutres de mer.