Les champignons sont bénéfiques pour les humains en tant que sources de nourriture et en tant que support essentiel pour d'autres types d'aliments. Ils créent des médicaments importants et sont même utilisés comme insecticides biologiques. Ce sont également des décomposeurs vitaux, ou saprotrophes, qui décomposent les déchets organiques en des formes plus utiles.
Entre 80 % et 90 % des arbres et des graminées ne peuvent survivre sans une relation symbiotique avec les champignons du sol. Cela rend les champignons essentiels à la croissance d'une grande majorité de cultures vivrières, même lorsqu'ils ne sont pas consommés directement.
Les champignons peuvent également protéger les cultures vivrières en agissant comme agents pathogènes pour les insectes nuisibles. Les espèces de champignons qui font cela ont évolué pour n'attaquer que certaines espèces d'insectes et laisser les plantes indemnes. Ils se développent à travers le corps des insectes et finissent par émerger pour propager leurs spores à d'autres insectes.
Les champignons sont également importants pour la transformation des aliments et sont des ingrédients essentiels dans certains types de fromages et dans la fabrication du pain et la fermentation alcoolique. La coloration bleue du fromage bleu est un type de champignon.
Les champignons sont également une source importante d'antibiotiques, d'immunosuppresseurs, de précurseurs de stéroïdes et de substances qui arrêtent les saignements. Les champignons sont utiles pour la recherche car ils se développent facilement, comme les bactéries, mais sont beaucoup plus proches de la structure cellulaire et de la génétique des humains.
