Selon le site Web de l'équipe, l'équipe de football des 49ers de San Francisco porte le nom des personnes qui ont participé à la ruée vers l'or en Californie. Ces personnes sont devenues connues sous le nom de 49ers, car la ruée vers l'or a eu lieu à partir de 1849. . La suggestion pour le nom est venue du fondateur de l'équipe, Tony Morabito. Le logo original des 49ers reflétait le nom de l'équipe car il s'agissait d'une photo d'un mineur tirant deux pistolets.
L'équipe des San Frisco 49ers a été formée en 1946. Avant cela, Morabito avait approché la Ligue nationale de football en 1942 avec la possibilité de créer une équipe sur la côte ouest, mais l'idée a été rapidement rejetée. Lorsqu'une nouvelle ligue a été créée en 1944, la All-American Football Conference, Morabito a commencé à établir une franchise à San Francisco.
Lawrence Shaw a été choisi pour être le premier entraîneur-chef de l'équipe. Au total, 32 joueurs ont été choisis pour la première saison de l'équipe, dont Frankie Albert, Bruno Banducci et Joe Ventrano. Les 49ers ont remporté leur premier match contre les Rockets de Chicago. Malgré le succès initial, les 49ers ont terminé leur première saison avec seulement trois victoires.
Morabito a conservé la propriété de l'équipe jusqu'à sa mort en 1957. Son frère cadet, Victor, a continué la propriété familiale de l'équipe, mais l'équipe a finalement été vendue à Edward DeBartolo Jr. en 1977.
