Le noyau contrôle indirectement ce qui se passe dans un lysosome en produisant de l'ADN qui est copié dans une protéine, qui se lie ensuite à l'ADN qui construit les lysosomes. Les lysosomes, petits sacs remplis d'enzymes, sont responsables de la digestion des particules étrangères ou des molécules en excès dans la cellule. Ce premier type d'ADN a le pouvoir d'activer certains gènes de l'ADN constructeur de lysosomes, contrôlant ainsi les caractéristiques et les fonctions des lysosomes.
Le gène qui contrôle la production de lysosomes dans le noyau s'appelle TFEB. Un gène TFEB peut produire de nombreuses protéines dupliquées, chacune d'elles se liant à de nouveaux gènes ouvriers et les activent. À l'intérieur du noyau lui-même, des protéines appelées facteurs de transcription sont responsables de l'activation du TFEB. Ils le transforment d'ADN en ARN, qui peut être copié en une protéine. Le noyau contrôle ainsi le nombre de protéines créatrices de lysosomes et leur rapidité. Selon Science Magazine, s'il y a surproduction du gène TFEB, il y a aussi surproduction de lysosomes.
Les enzymes présentes dans les lysosomes ne sont pas produites par le noyau mais par un organite appelé appareil de Golgi. Ces enzymes sont capables de digérer les protéines, les sucres, les graisses et autres lipides, les acides nucléiques et les bactéries nocives de l'extérieur de la cellule.
