Suite à la tradition consistant à nommer les planètes d'après les anciens dieux romains, Pluton tire son nom du dieu romain des enfers. L'observatoire Lowell a nommé la planète après avoir reçu la suggestion de Venetia Burney, 11 ans, d'Oxford, en Angleterre. Pluton a officiellement reçu son nom le 24 mars 1930.
L'observatoire Lowell a reçu plus de 1 000 noms suggérés pour la planète. Burney a d'abord suggéré le nom à son grand-père, qui a transmis la suggestion à un astronome. L'astronome, Herbert Hall Turner, a transmis le nom aux astronomes de l'observatoire Lowell à Flagstaff, en Arizona. Le nom Pluton a été choisi à l'unanimité à partir d'une liste restreinte, qui comprenait également les noms suggérés Minerva et Cronos.
Les lunes de Pluton portent le nom de figures associées au dieu Pluton. Charon, la première découverte des lunes de Pluton, doit son nom au batelier des enfers romains qui transporte les âmes des morts de l'autre côté de la rivière vers les enfers. Découvertes des décennies plus tard, les lunes Nix et Hydra portent respectivement le nom de la mère de Charon et du gardien à plusieurs têtes des enfers. Les lunes découvertes par la suite portent le nom de Kerberos, un chien à trois têtes de la mythologie grecque, et de Styx, le nom de la rivière à travers laquelle Charon transporte les âmes vers le monde souterrain.
Alors que Pluton est le nom généralement accepté de la planète, certaines langues utilisent le nom de figures du monde souterrain de différentes traditions. Certaines langues d'Asie de l'Est appellent la planète Meiosei. En hindi, la planète s'appelle Yama, tandis qu'en maori la planète s'appelle Whiro.
