Newton est mort dans son sommeil à Londres, en Angleterre, le 31 mars 1727, à l'âge de 85 ans. La veille, après avoir souffert de douleurs intenses dans l'abdomen, Newton s'est évanoui et n'a jamais retrouvé la conscience.
Vers la fin de sa vie, des problèmes de digestion ont forcé Newton à changer radicalement son alimentation et sa mobilité. Père fondateur de la physique moderne, Newton ne s'est jamais marié et avait peu d'amis, laissant beaucoup s'inquiéter de sa stabilité mentale et émotionnelle.
Isaac Newton a été enterré dans l'abbaye de Westminster. Après sa mort, ses cheveux ont été testés positifs au mercure, probablement à cause de ses activités d'alchimiste. On pense que l'empoisonnement au mercure est une cause potentielle de son excentricité plus tard dans la vie.
