Les chauves-souris sont généralement la proie d'autres animaux nocturnes tels que les hiboux et les faucons qui peuvent voler silencieusement sans être détectés et les capturer alors qu'ils sont encore en vol. Les serpents sont également un autre prédateur bien camouflé des chauves-souris frugivores.
Les chauves-souris peuvent être particulièrement vulnérables aux serpents lorsqu'elles se perchent dans des abris pour chauves-souris accessibles. Les serpents sont des grimpeurs habiles capables de guetter à l'ouverture des grottes de chauves-souris. Les belettes, les ratons laveurs, les visons et même certaines tarentules sont des chasseurs opportunistes qui trouvent également que les chauves-souris sont un délicieux repas.
Cependant, l'homme est la plus grande menace pour les chauves-souris. Le piégeage, l'empiètement humain et la destruction de l'habitat qui en résulte ont fait des ravages. Dans certains pays où les chauves-souris sont considérées comme une source de nourriture viable, la chasse constitue une menace sérieuse pour les populations de chauves-souris.
