Les facteurs abiotiques sont les parties non vivantes d'un écosystème. Les facteurs abiotiques de l'Antarctique sont ses basses températures, sa faible quantité de précipitations et sa calotte glaciaire polaire. Les facteurs abiotiques travaillent avec les facteurs biotiques, ou vivants, pour façonner l'écosystème.
L'Antarctique est un désert polaire. Il reçoit moins de 50 millimètres de précipitations par an et l'humidité relative tombe à 0,03 %. L'Antarctique maintient sa couverture de glace dans ces conditions car très peu de neige et de glace fondent ou se subliment. Au lieu de cela, il continue de s'accumuler au fil du temps, formant l'épaisse calotte glaciaire.
En plus de ses habitats océaniques et glaciaires, l'Antarctique possède un écosystème florissant de lacs sous-marins. Ces lacs sont protégés du froid par la calotte glaciaire et n'ont pas été exposés au soleil ou à l'air libre depuis au moins 120 000 ans. Certaines estimations scientifiques situent leur formation à un million d'années. Ces lacs forment le plus grand écosystème inexploré au monde, couvrant 9 % de la masse continentale de la Terre.
Il est confirmé que les archées et les bactéries vivent dans ces lacs, et les conditions sont supposées soutenir les protistes. Il est possible que de petits vers et arthropodes puissent survivre dans cet écosystème, mais l'approvisionnement alimentaire disponible dans les lacs ne permettrait pas de soutenir des organismes plus gros.
