Certains exemples de flagellés incluent les trypanosomes et Giardia lamblia. Le trypanosome est un parasite qui provoque la maladie du sommeil lorsqu'il entre en contact avec un humain. Giardia lamblia est également un parasite, et il provoque des troubles dans l'estomac et les intestins.
Giardia lamblia se trouve généralement dans les rivières et les ruisseaux de montagne. D'autres types de flagellés comprennent les dinoflagellés, que l'on trouve couramment sous forme de plancton dans l'eau douce et salée, et l'euglena, qui est un type de flagellé vivant en liberté. La variété volvox de flagellés, d'autre part, se trouve généralement dans les grappes de colonies.
Pour être qualifié de flagellé, l'organisme doit avoir un noyau unicellulaire et posséder au moins un flagelle utilisé à la fois pour le mouvement et la sensation. Une grande majorité des flagellés possèdent une enveloppe extérieure ferme ou un revêtement qui ressemble à de la gelée. La reproduction de ces organismes implique à la fois des méthodes sexuées et asexuées.
Les organismes de cette catégorie peuvent être divisés en deux groupes différents : les phytomastigophores et les zoomastigophores. Les premiers sont des flagellés qui ressemblent à des plantes, tandis que les seconds ressemblent à des animaux. Les flagellés de Phytomastigophorea sont capables de produire de la nourriture en utilisant la photosynthèse. Les flagellés de Zoomastigophorea, quant à eux, se trouvent dans le tube digestif des petits insectes et sont capables d'absorber les nutriments de la cellulose.